כל עמית מגבש תוכנית לימודים אישית המאפשרת לו להעמיק את עולם הידע המקצועי והאינטלקטואלי בתחום התמחותו ולהרחיבו לכיוונים חדשים. פיתוח תחום העניין האישי כולל גיבוש חזון המונחה על-ידי השקפת עולם ועמדות ערכיות, לימוד עומק תיאורטי ומעשי של תחום הפעולה, ותרגומם לתוכנית פעולה בעולם המעשה. לאורך תהליך הלמידה עומד כל סגל בית הספר לרשות העמיתים. נוסף על כך, יש להם האפשרות להתייעץ עם מומחים מקצועיים (משדה המחקר או מהשטח) בארץ ובחו"ל, וכן לנסוע במהלך השנתיים לנסיעת למידה אישית בחו"ל, שבמהלכה יוכלו לפגוש הלכה למעשה את המחקר והמעשה החינוכי המיטבי והחדשני, כל אחד מהם בתחום העניין שלו.

מטרתה של ההנחיה האישית ללוות ולקדם כל אחד מהעמיתים במסעו הלימודי האישי. ההנחיה מבוססת על ההנחה שבמישור תוך-אישי מתרחשת למידה משמעותית, ולכן כל תשומה והתנסות לימודית מקבלות תוקף ותורמות לגיבוש דרכו המקצועית של העמית. ההנחיה נועדה ללוות את מסע גיבוש הזהות האישית-מקצועית, לתווך בין תוכנית הלימודים הקבוצתית לתהליך הלמידה האישי, לסייע בבנייה של תוכנית הלימודים האישית, ולתמוך בלמידה ובתכנון של השינוי שהעמית רוצה להוביל בעולם.

במשך יום עבודה שבועי, למשך שלושה חודשים או יותר, העמיתים מצטרפים לארגון או לבעל תפקיד שהם מבקשים ללמוד לעומק. תוכנית הסטאז', שנקבעת במשותף על-ידי העמית והמארח, כוללת תצפית ופעילות של העמית לטובת הארגון. התהליך מזמן היכרות עם אופני פעילותם של ארגונים, ניתוח דינמיקה ארגונית והתייחסות לדרכים שבהן אדם נוטל ומתייחס לתפקיד בארגון. במקביל מוצעת לעמיתים סדנה לליווי הסטאז', הנערכת בקבוצות קטנות ומאפשרת עיבוד, ניתוח, שיתוף והמשגה.​

לימודי הליבה בבית הספר מתמקדים בשלושה תחומי תוכן: חינוך, רוח ויהדות ומדיניות. פתיחת צוהר לעולמות הידע הללו מסייעת לעמיתים בעיצוב חזונם וזהותם האישית והמקצועית, מעניקה להם שפות שונות לקריאת המציאות, מזמנת חשיבה על יצירת קשרים ביניהן ומשמשת מרחב לפיתוח שפה משותפת ודפוסי התייעצות ולמידה פוריים בין העמיתים.

חינוך: שלושה גלים של רפורמות בחינוך הציבורי; ניתוח אתנוגרפי של מוסדות חינוך ושל פעילות חינוכית (כולל שבוע תצפית בבתי ספר ברחבי הארץ); לימודי הוראה; תכליות החינוך; תולדות מערכת החינוך הישראלית; פדגוגיה: לחקור את החקר; גישות לקישור בין תיאוריה לפרקטיקה בחינוך; שינוי פדגוגי מערכתי: האם אפשרי ואם כן כיצד?; קהילה מקצועית לומדת.

תחומי הרוח והיהדות: פלורליזם ופלורליות; למידה מן הכתב: בין אפלטון לספר הזוהר; מחשבה פוליטית וישראל; האדם הראוי; רישום כנפיים: יסודות השירה; יחיד וקהילה בסיפורת.

מדיניות: מושגי יסוד במינהל ומדיניות ציבורית; לימודי ארגון (כולל שבוע תצפית במשרד החינוך); תיאוריות במדיניות; ניתוח מדיניות; שחקנים בזירת המדיניות; מגמות עכשוויות בממשל; הערכת מדיניות; סוגיות מתקדמות במדיניות ציבורית.

תחום זה נמצא בשלבי פיתוח בבית הספר. הוא מבקש להעניק לעמיתים פרספקטיבה רחבה על ההקשרים שבתוכם פועלת מערכת החינוך הישראלית. במסגרת זו התקיימו יחידות הלימוד הבאות: סיפור ישראלי – מחלוקות פנים מגזריות כבסיס להבנת החברה; החברה בישראל דרך הפריזמה של הגבול; סוגיות בהגות ישראלית; היסטוריה משותפת – נרטיבים מרובים.

הסדנה משמשת מרחב לשיח עמיתים על תחומי העניין האישיים שלהם. היא מאפשרת לתרגל הרגלי עבודה וחשיבה הנחוצים להובלת מעשה בשדה החינוך. הסדנה מזמנת חשיבה על שאלות יסוד הנוגעות לענייני חינוך וחברה, שכלול הרגלי התייעצות, פיתוח חשיבה ביקורתית ותרגום רעיונות לתוכנית בת-ביצוע. לצד זה היא מאפשרת תרגול הצגת רעיונות בכתב ובעל פה ולמידה מהניסיון ומהמומחיות המגוונים של החברים בקבוצה.

לימודי הבחירה, המוצעים לעמיתי שני המחזורים יחד, נועדו להוסיף נדבך דינמי ומרחיב לתוכנית הלימודים ולתת מענה נוסף לשונות בתחומי העניין של העמיתים. חברי הסגל והעמיתים מוזמנים להשתתף בבניית קורסי הבחירה ובהעברתם, ובכך לתת ביטוי לתחומי העניין שלהם. תוכנית לימודי הבחירה מתגבשת במהלך השנה. במסגרת זו התקיימו לאורך השנים קורסים בנושאי פדגוגיה מתקדמת, אמנות וחינוך, רוח ותרבות, מדיניות, דילמות חברתיות ועוד.

מטרתם הראשונה של המפגשים הקבוצתיים היא טיפוח תנאים לקיומו של אתוס הלמידה של בית הספר. מהלך זה מנסה לטפח היכרות בין שונים מתוך פתיחות קשובה להשקפות ולעמדות שונות, ולעצב מרחב למידה בטוח ומפרה. מטרתם השנייה היא למידה הנשענת על ניסיונם המקצועי של העמיתים, מתוך התמודדות משותפת עם אתגרים המעסיקים אותם; מטרתם האחרונה היא ביצוע רפלקסיה על תוכנית הלימודים. במסגרת זו התקיימו יחידות הלימוד הבאות: זמן קבוצה; מרחב לימודים פתוח, סדנת חיבור פותח וסדנאות אמן.

במהלך השנה מתקיימים סיורים לימודיים בני כמה ימים. הסיורים מאפשרים לעמיתים לפגוש פעילות חינוכית וחברתית בזירת העשייה ולשכלל את כישורי ההתבוננות והלמידה מתוכה. תשומת לב מיוחדת  ניתנת למעברים שבין פרקסיס לבין המשגה ותיאוריה.  הסיורים גם מזמנים חוויות משותפות התומכות בבניית חיי הקבוצה, ואף הן משמשות משאב ללמידה (דוגמאות לנושאי סיורים: בעקבות למידה; מפגשי קהילות – עיירות פיתוח כמקרה מבחן; בין היחיד ליחד – הפנימייה החינוכית כמקום מבחן; שימור ושינוי – התנועה הקיבוצית כמקרה מבחן).

מטרת התרגיל הקבוצתי לגייס את קבוצת העמיתים לחשיבה משותפת על פתרון בעיה הנמצאת על סדר יומה של מערכת החינוך בישראל. התרגיל מעניק הזדמנות לתרגל תנועה בין עולם התיאוריה לעולם המעשה. תהליך העבודה כולל בירור הערכים שהעמיתים מבקשים לקדם, התמחות מקצועית בנושא הנבחר, ותרגום יסודות אלו למדיניות בת-ביצוע. התהליך מדמה מצב קיים בעולם המעש​​ה, שבו אנשים בעלי עמדות והשקפות מגוונות מתבקשים לגבש מדיניות אחת. את תוצרי התרגיל מגישים העמיתים לקובעי המדיניות, ומציגים אותם לפניהם ולפני קהילת מנדל ובעלי עניין נוספים. לאורך השנים עסקו התרגילים בכמה נושאים, ובהם: הגיל הרך, גזענות במערכת החינוך, השתלבותם של יוצאי אתיופיה במערכת החינוך, תפקידן של מכללות החינוך בקידום מערכת החינוך בישראל וצמצום הפערים וקידום השוויון במערכת החינוך.